В СЭД bb workspace встроены различные средства криптографической защиты информации. Наиболее распространенные СКЗИ, встроенную в систему bb workspace: PGP, Crypto-C, SafeSign и другие. Так же могут использоваться различные средства шифрования как обрабатываемых файлов, так и сетевого трафика.